Do punktacji Pro Junior System na koniec sezonu będą wliczani zawodnicy z rocznika 2000 i młodsi, którzy rozegrali w rozgrywkach Fortuna 1 Ligi co najmniej 270 minut w minimum pięciu spotkaniach. Piłkarz za każdą rozegraną minutę otrzymuje jeden punkt. Jeśli jednak zawodnik jest wychowankiem danego klubu lub spędził w nim minimum trzy lata, wtedy ta liczba jest podwajana.

Najlepiej punktującym zawodnikiem w barwach Korony jest Wiktor Długosz. 20-latek rozegrał w tym sezonie 803 minuty w Fortuna 1 Lidze, na co złożyło się 16 meczów (9 w podstawowym składzie oraz 7 wchodząc z ławki). W związku z tym, że Długosz jest w strukturach Korony SA od rundy wiosennej sezonu 2015/16 lat, jego dorobek minutowy jest liczony podwójnie, stąd 1606 punktów w klasyfikacji.  

Drugi pod tym względem jest Iwo Kaczmarski, który zagrał łącznie 1066 minut w 15 meczach (13 w wyjściowym składzie, dwukrotnie wchodził z ławki). Trzecim najlepiej punktującym jest Kornel Kordas - rozegrał 808 minut w 11 meczach (dziewięć w wyjściowej jedenastce, dwa po wejściu z ławki) i zdobył 808 punktów.

Liderem klasyfikacji Pro Junior System jest Resovia Rzeszów (4884 pkt), a drugie miejsce zajmuje Sandecja Nowy Sącz (4137). Trzeba jednak zaznaczyć, że podopieczni Macieja Bartoszka jesienią rozegrali jeden mecz mniej.

Zwycięski klub z Fortuna 1 Ligi w klasyfikacji Pro Junior System po zakończeniu sezonu otrzyma od Polskiego Związku Piłki Nożnej gratyfikację finansową w kwocie 1 mln 600 tys. zł.